Am 27. Februar 1900 fand im Gasthaus „Bäckerhöfl“ eine Sitzung der Fußballabteilung des MTV München 1879 statt. Da es zu einem
Streit über die Weiterentwicklung der Fußballabteilung kam, einigten sich die
Parteien auf eine friedliche Trennung. Um 21:30 Uhr verließen elf Männer,
Nägele, Schmid, Karl, Wamsler, Ringler, Focke, Francke, Friedrich, Zöpfel,
Pollack und John das Lokal und fanden sich im Restaurant „Gisela“ in Schwabing
ein, um noch am selben Abend den FC Bayern zu gründen. Den Vorsitz führte Franz
John, der auch der erste Vorsitzende in der Geschichte der Bayern werden
sollte.

Obwohl auf der Gründungsurkunde 17 Namen zu lesen sind, wurde
diese am 27. Februar 1900 nur von elf Herren unterzeichnet. Die restlichen sechs
wurden später hinzugefügt. Diese Tatsache geht aus einem Schreiben Johns hervor,
in dem er die Geschehnisse des Abends schildert. Der Mitgliedsbeitrag wurde auf
eine Goldmark festgesetzt. Als ersten Trainingsplatz bekam der Verein von der
Stadt den heute noch existierenden Schyrenplatz zur Verfügung gestellt. Der
erste Gegner war der 1. Münchner FC und nicht wie in anders lautenden
Überlieferungen angegeben der MTV München. Das Spiel, das der FC Bayern mit 5:2 gewann, fand im März 1900 statt. Es stießen sehr schnell weitere Spieler zum
Verein, darunter auch drei Spieler des TSV 1860 München. Im Frühjahr 1900 schenkten die Geschäftsleute Wamsler dem FC Bayern ein Grundstück an der Clemensstraße als Spielstätte.